Går man ovenfor den gamle park kommer man til det egentlige botaniske anlæg, som blev påbegyndt i 2006 og som nu består af søer og kanaler, verdens største spaltebed med alpinplanter, tufbed ligeledes med alpinplanter, skovbundsbede, en klippevæg af norsk granit og forskellige plantesamlinger som f.eks. hostasamlingen, geranium-samlingen, primulasamlingen og senest er der i efteråret 2015 anlagt bede med en samling af pæoner.

Anlægget for Danmarks vilde Planter var det sidste område i Botanisk Have, der ved årsskiftet 2019/2020 endnu ikke var påbegyndt – ansøgning om midler til at finansiere anlægsudgifterne var sendt til A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal, og i marts 2020 kom den herlige meddelelse om, at fonden ville donere 2 millioner kroner til formålet. Spar Nord Fonden var ligeledes velvillig indstillet og donerede 200.000 kr. til anlægget.
Arbejderne blev sat i gang den 14. august 2020 med borgmester Birgit Hansen i gravemaskinen, og projektet blev indviet til den 25. Blomsterfestival den 4. juni 2022, hvor borgmester Birgit Hansen sammen med bestyrelsesformand Preben Reinholt og direktør i Spar Nord Bank, Morten Kock klippede den røde silkesnor.